根据上述职责，湖南衡山经济开发区管理委员会内设4个部室（局），级别均为副科级。

1、办公室

负责情况综合、统计、信息反馈；负责文件的收发、起草、缮印、分发、传阅、立卷、归档等工作；对会议确定的事项予以催办和督办；协调领导班子成员之间，各部（室）之间的工作；负责机关接待、考勤、办公用品采购、车辆管理、卫生管理等后勤保障工作；负责机关机构编制、计划生育、人事政工等工作；协助招商合作局做好开发区对外宣传、推介工作。

2、财务部

负责制定开发区财务计划，监督各类资金使用情况；研究拟定实施有关财务管理制度、办法；管理机构固定资产；负责区内财务监督检查、审计和统计工作；负责投资、融资、项目还贷工作。

3、招商合作局

负责开发区招商工作，承担宣传和推介工作，组织或参与各项招商引资工作；负责开发区引资项目的行政审批代办手续，提供“一站式”服务；协助开发区引进项目，做好引进前的一系列服务工作，组织、参与、调解项目筹建和生产期间发生的矛盾纠份，联系“县优化办”和相关职能部门，监督执行“一费制”及“准入制”的规定；负责招商引资有功人员的奖励申报和材料组织工作。

4、工程建设部（加挂综合治理办牌子）

贯彻执行上级有关征地拆迁政策规定，按年度用地计划做好征地工作；编制年度用地计划和征地拆迁实施方案，拟定征地拆迁用款计划，负责与相关职能部门及科（室）衔接；拟定并执行拆迁补偿标准，加强对征地补偿资金的监管；做好征地拆迁中的调解工作，调处片地拆迁中的矛盾纠纷；负责征地范围内项目用地清场工作，确保工程项目用地需求；协调组织项目用地报批，联系办理用地手续；审核项目投资额度，拟定供地方案，促进土地集约利用；制定经济开发区规划及工程建设管理的各项细则并组织实施；负责经济开发区工程建设项目的立项、规划、设计、评审、报批、报建等工作；组织实施经济开发区自身承担的工程项目的招投标，编制工程预、决算，拟定拨款计划，负责工程项目的管理施工和竣工结算；负责工程项目施工过程跟踪管理、设计技术变更、重大技术质量问题的处理，提出改进工程质量的方法、措施并组织实施；收集整理工程竣工验收相关存档资料；负责区内普法教育及社会治安综合治理工作；负责区内治安保卫工作，维护社会秩序，查处治安案件；负责区内暂住人口管理工作。